囊胚不著床的原因很多，比較常見的有囊胚質量不好,子宮內(nèi)膜過厚或過薄，容受性差，以及免疫因素等。試管嬰兒不是百分之百會成功，但是保持良好的心態(tài)是最關鍵的第一步。

有些研究（Barnhart 2002；Kuivasaari 2005）報告指出，子宮內(nèi)膜異位癥尤其是重度子宮內(nèi)膜異位癥會引起卵巢對排卵藥物的反應變差，胚胎的品質、胚胎的著床和懷孕率也都會下降。但也有些研究指出，雖然重度子宮內(nèi)膜異位癥患者對排卵藥物反應較差，但胚胎品質及懷孕率不會下降。要厘清這觀點須大型前瞻性雙盲研究測試。

輸卵管水腫會影響植入胚胎著床不易是不爭的事實。它的影響是因輸卵管水腫內(nèi)的液體偏堿性，含有對胚胎著床有害的細胞素、前列腺素及其它炎性物質，并且因輸卵管水腫的異體會倒流入子宮腔也會造成胚胎不能與子宮腔內(nèi)膜接合。

不同的排卵（催卵）藥物是否對子宮內(nèi)膜或胚胎品質有影響，目前未有定論。目前沒有證據(jù)顯示尿液制的排卵藥物和基因合成的排卵藥物有優(yōu)劣的差別。